Механические фильтры воды предназначены для удаления из воды аквариума чаще видимых включений. К таким включениям относят взвеси, песок, продукты жизнедеятельности рыб и так далее. Наиболее распространенным фильтром служит гигроскопичная медицинская вата, так же применимы капроновые нитей, поролоновые губки и так далее. Ранее фильтрами часто служили слой песка, гравия и так далее.
Производители разработали специальные фильтры-патроны, которые выполняют роль двух фильтров химического (внутри патрона находится активированный уголь) и механического (оболочка из гигроскопической медицинской ваты).
Получили распространение среди аквариумистов и диатомовые фильтры, применяемые для фильтрации невидимых невооруженным глазом частиц. В них фильтрующим веществом является диатомовая земля, желтовато-кремовая очень мелкая земляная масса. Происхождение ее из кремневых панцирей микроскопических ископаемых водорослей – диатомей.
Фильтр (часто стеклянный или пластиковый сосуд) снабжен довольно мощным насосом. Здесь пропускное давление через фильтр намного превышает таковое в обычном фильтре. Для получения максимально чистую (от бактерий, простейших и других микроорганизмов), и прозрачную воду в аквариуме, применяют данный фильтр. Его оставляют на несколько часов работать, чаще всего в аквариумах, которые намечают для разведения рыб. Но не стоит забывать, что это только механическая очистка, все вредные вещества остаются в воде после прохождения такого фильтра неизменными. Отрицательно то, что данный фильтр, задерживая и мельчайшие частицы, быстро засоряется. Стоит промыть землю и применять дальше как фильтрирующее вещество.
В последнее время производители предлагают совмещенные системы нескольких фильтров в одной системе или совмещение фильтров и аэраторов.